Papieska Akademia Kościelna prowadzi specjalistyczne wykłady z dziedziny dyplomacji i kursy języków obcych dla stałej liczby około 30 alumnów. Kandydaci są przyjmowani na podstawie polecenia swojego ordynariusza i muszą posiadać przynajmniej licencjat kanoniczny jednego z kierunków kościelnych. Kandydaci bez wymaganego wykształcenia są zobowiązani do przeprowadzenia przewodu doktorskiego na jednym z rzymskich uniwersytetów. Okres studiów trwa dwa lata. Ponadto od roku akademickiego 2020/2021 studenci przez rok odbywają praktykę na misjach.

Założona jako Accademia dei Nobili Ecclesiastici w Rzymie w roku 1701, przez opata Pietro Garagniego, a za zgodą papieża Klemensa XI. Jej pierwsza siedziba mieściła się w Palazzo Gabrielli a Monte Giordano. 2 czerwca 1706 roku została przeniesiona do swej obecnej lokalizacji przy Piazza della Minerva, do Palazzo Severoli. Ze względu na trudną sytuację ekonomiczną jej działalność została zawieszona przez Klemensa XIII w roku 1764. Ponownie otwarta w roku 1775 papież Piusa VI. Brewe z 17 grudnia 1777 roku Pius VI przekazał Akademii majątek należący do Zakonu Kanoników Regularnych św. Antoniego z Wiednia. W związku z tą donacją św. Antoni został ogłoszony patronem Akademii. W latach 1798-1803 jej działalność została ponownie zawieszona w związku wydarzeniami mającymi miejsce w czasie wojen napoleońskich. Akademia przechodziła kolejny trudny okres w końcu lat 40 XIX wieku, kiedy doszło do wybuchu rewolucji w Rzymie i tzw. „wojny ludowej” we Włoszech. Działalność Akademii została utwierdzona przez Piusa IX i kolejnych papieży, a jej profil został dostosowany do potrzeb kształcenia kapłanów mających służyć w dyplomacji Stolicy Apostolskiej, a także w Sekretariacie Stanu i Kurii Rzymskiej.

Wśród absolwentów Akademii znajdowali się między innymi późniejsi papieże: Klemens XIII, Leon XII, Leon XIII, Benedykt XV i Paweł VI.