Inicjatorem wspólnych spotkań rządu i Episkopatu był prymas Polski kard. Stefan Wyszyński. Miano Komisji Wspólnej noszą one od 8 listopada 1956 r. Każda ze stron ma w Komisji po pięciu przedstawicieli.

Obecnie stronę kościelną reprezentują: jako przewodniczący - Prymas Polski abp Wojciech Polak, metropolita warszawski kard. Kazimierz Nycz, metropolita szczecińsko-kamieński abp Stanisław Dzięga, biskup toruński Andrzej Suski oraz sekretarz generalny Konferencji Episkopatu Polski Artur Miziński.

Komisja została powołana w celu utrzymania stałych kontaktów między rządem i Konferencją Episkopatu Polski dla rozwiązywania problemów dotyczących stosunków między państwem i Kościołem. Od 1999 r. spotkania odbywają się naprzemiennie w gmachu Episkopatu Polski i siedzibach rządowych lub ministerialnych. Wcześniej odbywały się wyłącznie w kancelarii Prezesa Rady Ministrów.